一、國家政策依據不同
    1、國家高新技術企業認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術企業的發展，根據《中華人民共和國企業所得稅法》、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》，國家知識產權戰略發展規劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規劃、引導企業的生產、科研、日常制度等規范化，符合國家相關戰略思路。
    2、軟件企業認定管理辦法是關于貫徹國務院鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若干政策實施意見，進一步推動本市軟件產業和集成電路產業的發展，結合本市實際情況，制定的相關政策。
    軟件產業是知識經濟時代的主導產業，對推動經濟發展具有極其重要的戰略意義。運用市場機制，優化資源配置，鼓勵自主創新，通過在政策、資金上予以特別支持，推動軟件產業的跨越式發展，保持軟件產業在全國的領先地位，并盡快達到或接近國際先進水平。  

    二、政府審批部門不同
    1、高新技術企業認定由各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門聯合評審；
    2、軟件企業由地方科委或科技廳負責評審。

    三、有效期限和年審規定不同
    1、高新技術企業有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業每年按照相關規定報統計和科技委備案，同時在地方企業所得稅減免所辦理減免備案。
    2、軟件企業實行每年年檢，根據軟件企業管理辦法規定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業所得稅減免。

    四、所享受的企業所得稅優惠不同
    1、高新技術企業認定后，在地方稅務局備案后，企業所得稅為15%，減免10%。企業需要每年在稅務局做高新技術企業備案，通過后，才能享受到優惠政策。
    2、軟件企業認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。享受完五年優惠后，不再享受任何企業所得稅優惠政策（包括高新企業優惠政策），企業所得稅按照25%征收。

    五、所享受的其他優惠政策不同

    （一）高新技術企業可享受的其他優惠政策
    1、經認定的國家高新技術企業，每年可申請辦理北京市戶口；引進人才政策；
    2、經認定的國家高新技術企業為開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷；
    3、經國家科委認定的高新技術企業，包括但不限于在國家的一些扶持項目申報上有幫助，有的項目申請還強制要求必須有國家高新資質才能申請；
    4、企業高級管理人員進京，按照上一年度所繳個人工薪收入所得稅地方留成部分的80%予以獎勵，用于其在本市購房、購車以及參加培訓。（《北京市吸引高級人才獎勵管理規定實施辦法（京人發[2005]57號）》、《關于北京市吸引高級人才獎勵管理規定的通知（京政辦發[2005]18號）》）； 
    5、對在高新技術成果轉化中做出重大貢獻的專業技術人員和管理人員，市政府授予榮譽稱號并給予獎勵，所獲獎金免征個人所得稅。（《北京市關于進一步促進高新技術產業發展的若干規定》）。

    （二）軟件企業可享受的其他優惠政策
    1、根據企業自愿的原則，軟件企業從業人員住房公積金的繳存比例可提高到20％；
    2、凡受聘于本市軟件基地或軟件企業，具有本科及以上學歷且取得高級專業技術職稱的或在國內外獲得項士及以上學位的軟件專業技術人員和管理人員，可由用人單位按照有關規定，直接辦理調京手續，其配偶及未成年子女可隨調、隨遷；
    3、從財政預算中安排專項資金，用于軟件企業高級管理人員和技術人員興辦高新技術企業或增加本企業資本金投入以及個人第一次購買住房、轎車的資金補助，補助標準不超過個人上年已納個人所得稅的80％；
    4、對國家規劃布局內的重點軟件企業，如當年未享受免稅優惠的，減按10％的稅率征收企業所得稅。